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L’antisémitisme des milieux dirigeants du régime de Vichy se traduit très tôt par des mesures d’exclusion qui ne sont nullement imposées par l’occupant. Dès septembre 1940, le recensement des Juifs du département est effectué. Un statut des Juifs est promulgué à Vichy le 3 octobre 1940 et un second statut, plus discriminatoire encore, le remplace le 2 juin 1941. Désormais « l’accès et l’exercice des fonctions publiques, notamment comme membre des corps enseignants sont interdits aux Juifs ». Progressivement leur liberté est limitée : ils ne peuvent plus déménager sans prévenir le commissariat de police, posséder un poste de radio, posséder une bicyclette, utiliser leur téléphone. Une note envoyée le 28 avril 1941 par le délégué du ministère de l’intérieur au préfet, rappelle la loi du 4 octobre 1940 sur les Israélites étrangers et lui demande d’en « sanctionner le principe en procédant dès maintenant à l’internement de quelques Israélites étrangers à choisir parmi ceux qui sont connus pour leur attitude contraire aux intérêts du pays ou qui se sont introduits illégalement en France (…), ou encore dont l’absence de ressources les place en surnombre de l’économie nationale ». C’est donc comme une mesure qui en parachève beaucoup d’autres que paraît l’ordonnance du 29 mai 1942 sur le port de l’étoile jaune. Elle précède de peu dans l’Yonne la première rafle de Juifs.

Au printemps et à l‘été 1942, le chef du gouvernement, Pierre Laval, et son secrétaire général à la Police, René Bousquet, négocient avec Heydrich, le représentant de Himmler, et Karl Oberg, le chef des SS et de la police pour la France, la participation de la France de Vichy à la déportation des juifs de France, s’inscrivant ainsi dans le cadre européen de la « Solution finale » décidée à la conférence de Wannsee par les autorités nazies, le 20 janvier 1942. En juillet 1942, ce sont les Juifs étrangers qui sont visés. On est frappé de constater à quel point la machine administrative a fonctionné avec efficacité pour parvenir aux objectifs qui lui étaient fixés : arrêter rapidement et discrètement les Juifs étrangers du département, les interner puis les transférer vers le camp de Pithiviers. Les documents administratifs conservés aux Archives départementales  montrent la terrible efficacité de l’administration française dans la réalisation du processus. Fonctionnaires de la préfecture et des sous préfectures, gendarmes et policiers appliquent les ordres avec diligence, sans récrimination et sans retard. Aucune chance ne leur est laissée et ce n’est pas sans émotion que l’on découvre ces documents.

Les enfants de moins de seize ans ne sont pas déportés avec leurs parents. On autorise des voisins ou des membres de la famille à les garder à la condition que leurs parents les leur confie. On retrouve aux Archives de l'Yonne des morceaux de papier sur lesquels les parents écrivirent rapidement les quelques mots qui, pensaient-ils, allaient assurer la sécurité de leurs enfants : « Je soussigné, Joseph P. déclare confier mes enfants Léon 9 ans et Roger 5 ans à Madame T. ma propriétaire habitant 7 rue des Consuls à Auxerre, et donne décharge à l'autorité Française de toutes responsabilités à cet égard. Auxerre, le 13 juillet 1942 ». Treize enfants sont ainsi confiés à des particuliers et six à l'Assistance publique. Peu de temps après le Préfet Régional ordonna que tous les enfants soient remis à l’Union Générale des Israélites de France. Ceux qui les avaient accueillis durent les rendre et les confier à l'Assistance publique à Auxerre qui les conduisit à Paris. Les Juifs arrêtés furent transférés à Pithiviers dans un car des « Rapides de Bourgogne » le 15 juillet 1942. Le 23 juillet l’entreprise adressait une facture de 2970 francs à la Préfecture.